IPIP (IP over IP) i EoIP to dwa różne protokoły tunelowania oferowane przez RouterOS, które różnią się przede wszystkim warstwą działania. IPIP enkapsuluje tylko pakiety IP, dodając jedynie 20-bajtowy nagłówek IP przed oryginalnym pakietem. EoIP z kolei enkapsuluje całe ramki Ethernet, używając nagłówka GRE o większym narzucie.
Wybór między IPIP a EoIP zależy od wymagań konkretnego zastosowania. IPIP jest wydajniejszy i ma mniejszy narzut, ale nie obsługuje protokołów innych niż IP oraz nie pozwala na mostkowanie L2. EoIP jest bardziej uniwersalny, obsługuje VLAN, ARP i transmisje rozgłoszeniowe, ale kosztem większego obciążenia i mniejszej wydajności.
W kontekście VLAN, EoIP jest zdecydowanie lepszym wyborem, ponieważ przenosi ramki z oznacznikami 802.1Q w nienaruszonym stanie. IPIP nie umożliwia transmisji znaczników VLAN, ponieważ działa wyłącznie na pakietach IP. Dla sieci wymagających segmentacji VLAN przez VPN, EoIP jest więc jedynym właściwym wyborem spośród tych dwóch protokołów.