Zarówno OpenSSH, jak i PuTTY są pełnoprawnymi klientami SSH, ale mają odmienne mocne strony i profil zastosowania. OpenSSH jest dostępny natywnie w systemach Linux, macOS oraz - od 2018 roku - w systemie Windows 10/11, co czyni go uniwersalnym narzędziem pracującym w wierszu polecenia; jego siłą jest potężny plik konfiguracyjny ~/.ssh/config z aliasami, wzorcami i wieloma dyrektywami (LocalForward, RemoteForward, DynamicForward, ProxyJump, ServerAlive), idealny do automatyzacji i pracy skryptowej. PuTTY natomiast oferuje znacznie bogatszy graficzny interfejs użytkownika z drzewiastą strukturą kategorii, co sprawia, że jest szczególnie wygodny dla mniej zaawansowanych użytkowników Windows oraz przy konfiguracji tuneli w sposób interaktywny, bez znajomości składni poleceń. PuTTY dostarcza także dodatkowe narzędzia - PuTTYgen (generator kluczy), Pageant (agent SSH), PSCP/PSFTP (transfer plików) - tworzące kompletny, zintegrowany pakiet. Należy pamiętać, że PuTTY natywnie używa formatu kluczy PPK, podczas gdy OpenSSH używa formatu OpenSSH/PEM, co wymaga konwersji kluczy między środowiskami przez PuTTYgen (Convert).
W praktyce wybór między OpenSSH i PuTTY zależy od środowiska i zadań. W środowiskach mieszanych (Windows + Linux, różne zespoły) zaleca się posiadanie obu narzędzi: OpenSSH do automatyzacji, skryptów i pracy w wierszu polecenia (szczególnie w serwerach, CI/CD i narzędziach takich jak Ansible), a PuTTY do interaktywnego zarządzania sesjami, wygodnej konfiguracji tuneli i pracy graficznej na Windows. W sytuacjach awaryjnych i na komputerach, gdzie instalacja oprogramowania jest niemożliwa, bardzo przydatna jest wersja przenośna PuTTY uruchamiana z pamięci USB, oraz wbudowany w Windows, zawsze dostępny klient OpenSSH (ssh). Warto również zdawać sobie sprawę, że PuTTY od wersji 0.77 obsługuje klucze w formacie OpenSSH przez Pageant, co łagodzi problem odmienności formatów. Podsumowując, znajomość obu klientów - ich interfejsów, formatów kluczy i narzędzi towarzyszących - pozwala administratorowi elastycznie dopasować narzędzie do konkretnego zadania i środowiska, co jest istotne w praktyce zawodowej obejmującej różne platformy.