Najczęstszym błędem konfiguracji MTU w sieciach VPN jest całkowity brak MSS Clamping. Administratorzy często konfigurują tunel VPN, sprawdzają, że "działa" za pomocą pingu, i uznają zadanie za zakończone. Problem pojawia się dopiero przy próbie przesyłania większych plików lub ładowania stron WWW z dużą liczbą zasobów. Objawy są niespecyficzne i często mylnie przypisywane innym przyczynom, co prowadzi do długotrwałej i frustrującej diagnostyki.
Drugim najczęstszym błędem jest ustawienie zbyt wysokiej wartości MSS. Administratorzy często obliczają narzut teoretyczny, ale nie uwzględniają dodatkowych nagłówków, które mogą pojawić się na trasie: VLAN (4 B), QoS (różne), MPLS (4+ B), PPPoE (8 B). Z tego powodu zaleca się stosowanie wartości bezpiecznych, które mają kilkadziesiąt bajtów zapasu: 1360 dla IPSec, 1380 dla WireGuard, 1350 dla OpenVPN.
Błędem jest również ignorowanie faktu, że MSS Clamping działa tylko dla nowych połączeń TCP. Istniejące połączenia, które zostały nawiązane przed włączeniem clamping, nadal używają starego (większego) MSS. Dlatego po zmianie konfiguracji MSS należy odczekać, aż stare połączenia wygasną, lub zrestartować usługi. W przypadku krytycznych aplikacji zaleca się zaplanowanie okna serwisowego na wprowadzenie zmian konfiguracji MSS.